Jokulsarlon z języka islandzkiego oznacza dokładnie laguna lodowcowa. Jezioro powstało ok. 40 lat temu gdy cofnął się lodowiec Breioamerkurjokull, który jest częścią czapy lodowej lodowca Vatnajokull. Bryły lodu, które odrywają się od lodowca, pływają w jeziorze a następnie spływają wąskim ujściem do oceanu.
